The Last Ship Season 3 กลับมาอีกครั้งกับเรื่องราวที่เข้มข้นและน่าติดตามของเรือพิฆาต USS Nathan James หลังจากไวรัสร้ายได้คร่าชีวิตประชากรส่วนใหญ่บนโลก ทีมงานของเรือจะต้องต่อสู้เพื่อรักษาอนาคตของมนุษยชาติอีกครั้ง โดยในซีซั่นนี้พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับศัตรูใหม่และปัญหาความขัดแย้งที่ซับซ้อนกว่าเดิม
เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อการทดลองสร้างวัคซีนได้สำเร็จ แต่ความหวังของโลกกลับถูกคุกคามจากกลุ่มอำนาจที่ไม่ต้องการความสงบสุข ผู้บัญชาการ Tom Chandler และลูกเรือของเขาต้องหาหนทางใหม่เพื่อหยุดยั้งอันตรายนี้ พร้อมทั้งเผชิญหน้ากับสถานการณ์ทางการเมืองและการต่อสู้ในแบบที่พวกเขาไม่เคยเจอมาก่อน
ในแต่ละตอน ทีมงานจะต้องเผชิญกับอุปสรรคที่เกี่ยวพันกับความอยู่รอดของโลก และผู้ชมจะได้สัมผัสถึงความตึงเครียดจากทั้งฉากแอคชั่นและการเจรจาในสถานการณ์ที่บีบคั้น
